Steitz đã đoạt được các giải thưởng sau đây:

• Giải Nobel Hóa học năm 2009 cùng với Venkatraman Ramakrishnan và Ada Yonath "cho công trình nghiên cứu cấu trúc và chức năng của ribosome".[1]
• Giải quốc tế Quỹ Gairdner năm 2007[3] "cho công trình nghiên cứu nói trên, chỉ ra rằng transferase[4] peptide là một phản ứng xúc tác hóa RNA, và cho việc khám phá ra cơ chế ức chế chức năng này của chất kháng sinh".[5]
• Giải Rosenstiel năm 2001